Del tehuelche koi (laguna) y Aiken (campamento), la ciudad y comuna de Coyhaique se emplaza en la región de Aysén. Aunque el Instituto Geográfico Militar y la Real Academia de la Lengua Española, determinen que el nombre debiese ser "Coihaique", los habitantes de la ciudad siguen prefiriendo la y.
Fundada por el año 1929 con motivo de promover la colonización y fomentar la labor productiva que hasta entonces desarrollaba Sociedad Industrial de Aysén, la actual ciudad de Coyhaique es una mezcla de descendientes de chilenos provenientes de la isla de Chiloé, chilenos originarios de las regiones del Bíobío, Araucanía y de Los Lagos que alguna vez trabajaron en Argentina y de colonos de diferentes partes de Europa.